Главный железнодорожный вокзал находится в центре города, на площаде Победы.
Железная дорога была возведена в Барнауле в 1915 году. В сентябре было закончено строительство моста через реку Обь и уже 6 октября поезда начали движение по направлению Новосибирск – Алтайск - Локоть. Первый поезд привез из Новоссибирску в Барнаул почту.
В годы войны с вокзала отправлялись местные жители на войну, а с фронта на станцию приходили составы с раненными и эвакуированными. В память о тех тяжелых событиях на вокзале установлена табличка: «Отсюда сибиряки уходли на фронт в 1941-45»
После Великой Отечественной войны в 1950-е годы началось освоение Целины. Вокзал не справлялся с огромным количеством пассажиров. По этой причине в 1958 году было решено возвести новый вокзал. 6 ноября 1961 года новый вокзал начал работу.
В настоящее время рядом с действующим вокзалом расположены еще два прошлых железнодорожных вокзала. С железнодорожного вокзала в Барнауле поезда отправляются в разные города России: Санкт-Петербург, Сочи, Адлер, а также движутся в сторону Казахстана.
