Первый железнодорожный вокзал в Уфе был открыт в 1888 году.
Нынешний вокзал построен в 1968 году. В 2006 году началась реконструкция здания, строительство было разделено на несколько очередей. Первая очередь была выполнена через 2 года, в декабре 2008 года.
Вместительность вокзала увеличилась с двух до шести тысяч человек. Рядом со зданием были снесены старые, ветхие строения: жилые дома, гаражи.
На данный момент 2011 года реконструкция всего вокзального комплекса продолжается. Во второй очереди планируется продлить переходной туннель под платформами, а также ряд других улучшений.
